ছত্রাকের দেহ সমাঙ্গ বা থ্যালাস প্রকৃতির। দেহটি এককোষী অথবা বহুকোষী হতে পারে। এককোষী ছত্রাকের দেহ একটি মাত্র গােলাকার বা ডিম্বাকার কোষ দ্বারা গঠিত, যেমন- Yeast। এই অঙ্গজ কোষটিই জনন কাজ করে থাকে। কিছু নিম্নশ্রেণির ছত্রাক ছাড়া অধিকাংশ ছত্রাকের কোষে একটি দৃঢ় কোষ প্রাচীর থাকে।