ছত্রাকের বাসস্থান বিচিত্রধর্মী। মাটি, পানি, বায়ু, উদ্ভিদ ও প্রাণীর দেহ, পচনশীল জীবদেহ বা দেহাবশেষ সর্বত্র ছত্রাক বাস করে। স্থলজ ছত্রাকগুলো সাধারণত জৈব পদার্থ বিশেষত হিউমাস সমৃদ্ধ মাটিতে ভালো জন্মে। জলজ ছত্রাকগুলো সাধারণত পানিতে অবস্থানকারী জীবসমূহের পচনশীল মৃতদেহের উপর বসবাস করে।